Comment les États-Unis ont perdu la bataille face au SARS-CoV-2

SANTÉ1.juillet.2020 // Les Crises

Comment les États-Unis ont perdu la bataille face au SARS-CoV-2

CoronavirusCovid-19

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Source : New York Times
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises

Des épidémies invisibles ont surgi de partout. Les États-Unis ont ignoré les signaux d’alerte. Le New York Times analysé les habitudes de voyage, les infections cachées et les données génétiques pour montrer comment l’épidémie a échappé à tout contrôle.

Cela a commencé doucement. Un homme près de Seattle avait une toux persistante. Une femme à Chicago avait de la fièvre et le souffle court.

À la mi-février, il n’y avait que 15 cas de coronavirus connus aux États-Unis, tous ayant un lien direct avec la Chine.

« Dans quelques jours, ces 15 cas vont être réduits à près de zéro« , avait alors déclaré le président Trump.

Les patients ont été isolés. Leurs contacts ont été surveillés. Les voyages en provenance de Chine ont été restreints.

Rien de tout cela n’a fonctionné. Seule une petite partie de la réalité était visible. Quelque 2 000 infections cachées se répandaient déjà dans les grandes villes.

Infections non détectées au 15 février, selon les estimations d’une équipe de modélisation de la Northeastern University dirigée par Alessandro Vespignani

Nous avons retracé la propagation cachée de l’épidémie pour comprendre pourquoi les États-Unis n’ont pas réussi à l’arrêter.

À chaque moment crucial, les responsables américains avaient des semaines ou des mois de retard sur la réalité de l’épidémie. Ces retards ont probablement coûté des dizaines de milliers de vies.

Comment le virus est-il entré ?

L’interdiction de voyager en Chine a été un succès partiel : on estime que seule une poignée de voyageurs infectés en provenance de Chine ont pu entrer dans le pays sans être détectés avant l’imposition des restrictions le 2 février 2020.

Mais cela n’a pas suffi.

Une vaste vague de voyageurs infectés – environ 1 000, selon un modèle – est venue d’autres pays d’Asie, d’Europe et du reste du monde en février, chaque voyageur étant une étincelle dangereuse qui pouvait déclencher une épidémie plus importante.

Voyageurs infectés en février, selon les estimations de Northeastern

Beaucoup de ces infections ont disparu. Mais à la mi-février, quelques-unes se sont embrasées et sont devenues épidémiques, se propageant de manière invisible.

Estimation des infections au 15 février dans certaines villes, selon le modèle du Nord-Est. D’autres villes pourraient également avoir connu des flambées précoces.

Le pays n’était pas conscient de sa propre épidémie. De nombreux tests sortis par le C.D.C. n’ont pas fonctionné, laissant seulement de quoi tester les personnes qui avaient visité la Chine ou qui avaient été en contact avec une poignée de cas connus.

Au cours des deux semaines suivantes, les épidémies invisibles ont doublé de taille, puis ont encore doublé trois fois.

Estimation des infections au 1er mars 2020

Comment les premières épidémies se sont propagées

Fin février, les principaux experts fédéraux en matière de santé ont conclu que le virus était susceptible de se propager largement aux États-Unis et que les responsables gouvernementaux devraient bientôt exhorter le public à adopter des mesures de distanciation sociale, comme éviter les foules et rester chez soi.

Mais Donald Trump voulait éviter de perturber l’économie. C’est pourquoi, à sa demande, certains de ses conseillers en matière de santé ont dit aux Américains, fin février, de continuer à voyager à l’intérieur des États-Unis et de poursuivre leur vie normale.

Et les Américains l’ont fait. Des millions de personnes se sont déplacées à travers le pays, comme le montrent les données des téléphones portables. Certains d’entre eux portaient le virus sans le savoir.

Volume de voyages du 1er mars au 14 mars, selon les données agrégées de Cuebiq, une société de renseignement sur les données. Les itinéraires secondaires ne sont pas indiqués.

Plusieurs chercheurs du Seattle Flu Study ont ignoré les restrictions de tests du C.D.C. et ont découvert un seul cas sans antécédents de voyage fin février. C’était le premier signe que l’épidémie avait mal tourné.

Au cours des deux semaines qui ont suivi, les gens ont effectué environ 4,3 millions de voyages à partir de la région de Seattle.

Estimation des cas au 1er mars – Départ de Seattle du 1er au 14 mars

Des milliers de personnes étaient contagieuses. Des échantillons génétiques liés à l’épidémie de Seattle sont apparus dans au moins 14 États, a déclaré Trevor Bedford, professeur au Fred Hutchinson Cancer Research Center et responsable du Flu Study.

Les points rouges indiquent la proportion de voyageurs contagieux, sur la base des estimations de Jeffrey Shaman, de l’université de Columbia.

Mais Seattle n’était qu’un début. À New York, où les autorités n’avaient trouvé qu’un seul cas au 1er mars, environ 10 000 infections s’étaient propagées sans être détectées.

Les New-yorkais et les visiteurs continuaient de sortir de la ville. Plus de 5 000 voyageurs contagieux sont partis au cours des deux premières semaines de mars, selon les estimations.

Les points rouges indiquent la proportion de voyageurs contagieux, sur la base des estimations du Dr Shaman.

« J‘encourage les New-yorkais à poursuivre leur vie et à quitter la ville », a déclaré le maire Bill de Blasio le 2 mars 2020.

Les gens qui ont quitté New York City ont fait environ 2,8 millions de voyages dans la vallée de l’Hudson. Certains ont transporté le virus avec eux, et les épidémies s’y sont accélérées à la mi-mars, résultat probable des voyages depuis New York, selon une analyse du Times.

Cas connus dans la vallée de l’Hudson au 22 mars

Les gens ont également fait plus de 25 000 voyages à la Nouvelle-Orléans, où les données génétiques suggèrent qu’une importante épidémie précoce est due à des infections provenant de New York, selon Karthik Gangavarapu, un informaticien de Scripps Research, et le Dr Bedford.

Cas connus à la Nouvelle-Orléans au 22 mars

Le suivi des mutations génétiques de la signature du virus permet aux chercheurs d’estimer l’influence des premières épidémies. Au début, les variantes prédominantes dans l’épidémie de Seattle ont été trouvées plus fréquemment.

Mais des échantillons ultérieurs ont montré qu’une variante souvent trouvée dans l’épidémie de New York s’était beaucoup répandue. Une nouvelle analyse de milliers de mutations renvoie aussi directement à New York, a déclaré le Dr Bedford.

Les déplacements à partir de la ville de New York ont contribué à répandre cette variante dans tout le pays.

« New York a joué le rôle de grande gare centrale pour ce virus », a déclaré David Engelthaler, de l’Institut de recherche génomique translationnelle.

Comment les points chauds locaux ont émergé

Lorsque le président Trump a bloqué les voyages en provenance d’Europe le 13 mars, les restrictions étaient pour l’essentiel inutiles.

L’épidémie s’était déjà largement répandue dans la plupart des États depuis des semaines.

Une femme a célébré le Mardi Gras à la Nouvelle-Orléans et est ensuite retournée à Memphis, devenant le premier cas connu dans cette ville. L’épidémie de la Nouvelle-Orléans a contribué à la propagation en Louisiane et dans le Sud.

Cas connus au 22 mars – Volume de voyages du 1er mars au 14 mars

Une personne en deuil originaire d’Atlanta s’est rendue à Albany (Ga.) pour assister à des funérailles. Quelques jours plus tard, le virus a balayé la communauté dans l’une des épidémies les plus meurtrières du pays.

Un homme revenant d’un tournoi de basket à Tucson, en Arizona, aurait apporté le virus dans une petite ville de la nation Navajo, la plus grande réserve amérindienne des États-Unis. Une épidémie a éclaté dans la réserve après un rassemblement à l’église.

Comment l’épidémie a ralenti

Face à une épidémie qui avait dépassé leurs capacités de test ou de traçage, les responsables américains n’ont eu d’autre choix que de demander au public de rester chez lui.

Le 16 mars, quelques semaines après que les responsables de la santé aient conclu en privé qu’une réponse plus active serait nécessaire, le président Trump a demandé aux Américains de limiter leurs déplacements, d’éviter les groupes et de rester chez eux, au travail et à l’école, s’ils se sentaient malades. Un à un, les États ont émis des ordonnances de maintien à domicile et ont fermé des entreprises.

Jusqu’au 10 mars, le citoyen américain moyen se déplaçait à peu près normalement, selon les données du téléphone portable de Cuebiq.

Mais le 17 mars, après l’annonce de Donald Trump, une grande partie du pays a commencé à se fermer.

Réduction des déplacements constatés au 17 mars

Dans la Bay Area, sur la côte ouest, là où certains des premiers cas ont été identifiés, la plupart des personnes restaient déjà confinées chez elles.

Dès le 24 mars, une grande partie du pays avait entamé son confinement. En quelques semaines, ces arrêts ont mis fin à la croissance exponentielle du virus qui avait envahi de nombreuses régions du pays.

Mais chaque jour comptait pour stopper le virus à New York, où les dirigeants politiques ont attendu des jours cruciaux avant de fermer les écoles et d’imposer un confinement, alors que le virus se propageait de manière incontrôlée.

L’apparition de nouveaux cas s’est ralentie à San Francisco, Seattle et dans d’autres endroits où des mesures ont été prises relativement rapidement. Les lits d’hôpitaux sont restés ouverts. Le pire a été évité.

Mais à New York, la réaction a été trop tardive, a déclaré Lauren Ancel Meyers, épidémiologiste à l’université du Texas à Austin. D’autres facteurs, tels que la densité de la ville et son taux de déplacements internationaux, ont également pu jouer un rôle, a déclaré le Dr Meyers.

Dans la région de New York, plus de 22 000 décès auraient pu être évités si le pays avait commencé à se distancer socialement une semaine plus tôt seulement, estiment des chercheurs de l’université de Columbia.

Environ 36 000 décès dans tout le pays auraient pu être évités début mai si la distanciation sociale avait commencé plus tôt, selon les estimations.

Encore aujourd’hui, l’Amérique reste dans l’ignorance.

La plupart des personnes infectées ne sont jamais testées. Il n’est guère possible de retrouver et d’isoler les contacts de ceux qui ont été testés positifs. Et après l’arrêt des mesures de confinement, les nouveaux cas se sont multipliés.

Ces dernières semaines, de nouveaux foyers ont éclaté dans le Sud et l’Ouest. Ce ne sont que les cas que nous connaissons. Personne ne peut voir où le virus va aller ensuite.

Nouveaux cas confirmés du 9 juin au 23 juin

Notes :

Notre compréhension de l’épidémie précoce aux États-Unis s’appuie sur des rapports de cas, des modèles de voyage, le séquençage génétique et la modélisation de la maladie qui simule le déroulement de l’épidémie en fonction de la manière dont elle se propage et de ce que l’on sait du virus. Tous les modèles sont des estimations, et il est impossible de connaître avec certitude l’origine de chaque infection ou le nombre d’infections qui n’ont pas été confirmées par les tests.

Il n’existe pas de recensement officiel complet des cas, des décès ou des tests dans l’ensemble des États-Unis. Les cas connus proviennent d’une base de données du New York Times basée sur les informations fournies par les autorités fédérales, étatiques et locales. Les cas sont indiqués par zones statistiques de base, ou par comté pour les cas en dehors de ces zones. Les 15 premiers cas sont classés par domaine statistique. Ces étiquettes peuvent ne pas correspondre aux noms des villes exactes dans lesquelles les cas ont été observés.

Les modèles de déplacement que nous montrons représentent les mouvements entre les zones statistiques de base, sur la base de données anonymes et agrégées de localisation de téléphones portables, collectées par Cuebiq, une société de renseignement qui suit les emplacements de plus de 15 millions de téléphones portables aux États-Unis.

Les données saisissent les déplacements, et non les voyageurs uniques, et comprennent les déplacements entre les zones statistiques ainsi que les déplacements sur de plus longues distances. Certains trajets mineurs et courts ne sont pas indiqués.

La réduction des déplacements due à l’éloignement social est basée sur des mesures par Cuebiq de la fourchette médiane que les personnes de chaque zone parcourent chaque jour. Les effets de la distanciation sociale sont tirés de l’article de Lauren Gardner, et al, « Social Distancing Is Effective at Mitigating Covid-19 Transmission in the United States ».

Les estimations du nombre d’infections non détectées dans 11 villes américaines sont issues de la modélisation de la Northeastern University, tout comme les estimations du nombre de voyageurs infectés non détectés qui sont entrés aux États-Unis en provenance d’autres pays. Voir Matteo Chinazzi et Jessica T. Davis, et al. « The effect of travel restrictions on the spread of the 2019 novel coronavirus (COVID-19) outbreak » Science.

Les estimations du nombre de personnes contagieuses ayant quitté New York et Seattle proviennent de la modélisation de Sen Pei et Jeffrey Shaman de l’université de Columbia. Les estimations du nombre de décès qui auraient pu être évités grâce à une distanciation sociale plus précoce sont tirées de « Differential Effects of Intervention Timing on Covid-19 Spread in the United States » du Dr Pei et al.

Les échantillons génétiques du virus proviennent de Nextstrain. Nous montrons les échantillons regroupés par noms qui ont été attribués avant le 1er mai 2020. Le lien entre les épidémies américaines et les voyages à partir de New York est basé sur une analyse des modèles de voyage et des mutations génétiques par Trevor Bedford, professeur associé au Fred Hutchinson Cancer Research Center et à l’Université de Washington.

Les conclusions des responsables fédéraux de la santé en février sur la propagation probable du virus sont tirées du rapport du Times. Lors d’une conférence de presse tenue le 26 février, M. Trump a déclaré que le nombre de cas serait proche de zéro en quelques jours.

Les conseillers sanitaires ont exhorté les Américains à poursuivre leur vie normale lors d’une conférence de presse le 29 février. M. de Blasio a encouragé les New-Yorkais à faire de même dans un tweet le 2 mars. M. Trump a recommandé aux Américains d’éviter de voyager lors d’une conférence de presse le 16 mars.

Sources complémentaires :

Xianding Deng, Charles Chiu et al., “A Genomic Survey of SARS-CoV-2 Reveals Multiple Introductions into Northern California without a Predominant Lineage,” Science

Matthew Maurano, Adriana Heguy et al., “Sequencing identifies multiple, early introductions of SARS-CoV2 to New York City Region,” medRxiv.org

Ana S. Gonzalez-Reiche, Harm van Bakel et al., “Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area,” Science

Source : New York Times
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises

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